五年的追逐化為泡影，隨著X檔案的關閉，?？怂埂つ碌拢ù笮l·杜楚尼 David Duchovny 飾）和丹娜·斯科莉（吉蓮·安德森 Gillian Anderson 飾）被迫調任處理一些平常的案件。某天，美國得州達拉斯市發生一起爆炸案。雖然穆德和斯科莉極力疏散寫字樓內的人群，但爆炸還是奪取了4名無辜者的性命，他們也因此受到上級的指摘。然而事后不久，穆德便得知4名犧牲者早在爆炸之前便已死亡，所謂爆炸案不過是某個神秘部門為了掩蓋證據而實施的騙局。該部門據說多年來一直從事外星人的研究，并且他們的研究足以導致人類的毀滅。兩名搭檔決定徹查此事，但是神秘且難以抗拒的力量無時無刻不在阻撓他們追尋真相的腳步…… 本片為同名美劇的第一部劇場版。
FBI Assistant Director Walter Skinner is the prime suspect in a homicide involving a woman he was with the night of her death. Mulder and Scully are all he has to prove his innocence, as superior officers try to shut him down and the only clue is a mysterious old woman.